Importante centro longobardo, Lesina conserva i segni di uno stretto rapporto con l'elemento acqua che avvolge, da più parti, il suo caratteristico territorio. La laguna si è costituita in seguito all'accumulo dei depositi dei fiumi pugliesi e molisani, come il Fortore ed il Saccione, che progressivamente ha generato una barriera litoranea che ha chiuso le vaste insenature, creando così l'attuale lago, con profondità massima di due metri, che si estende per circa 500 ettari, con una lunghezza di 23 chilometri ed un larghezza media di 2 chilometri.
La zona lagunare, geograficamente delimitata dalle antiche torri saracene di Fortore e di Mileto, è messa in comunicazione con il mare Adriatico dai canali 'Acquarotta' e 'Schiapparo'. Sulla barra litoranea è presente il rarissimo cisto di Clusio, formazione endemica oggetto di ricerche e studi, svolti presso l'Orto Botanico dell'Università di Bari, che ne sta curando la riproduzione in laboratorio.
Le coste basse e semisommerse ricoperte da vegetazione alofila (sueda marittima, salicornia annua, limonio comune), si alternano a zone di macchia mediterranea e ad aree di fantina, dove trovano il loro habitat ideale numerose specie di rettili e anfibi, come la biscia dal collare (natrix ntrix) e la testuggine d'acqua (emysorbicularis).
La sezione orientale del lago di Lesina è dal 1981 una riserva naturale di popolamento animale, nata per favorire l'avifauna stanziale e di passo. Tra gli estesi canneti si riproducono lo svasso maggiore, la sgarza ciuffetto, il tarabusino, il cavaliere d'Italia, dall'elegante livrea, ed anche il martin pescatore, l'alzavola, la folaga e tanti altri ancora.
Ma la vera novità è il nuovissimo Centro visita, scientificamente tra i più importanti d'Europa, in riva al lago, voluto dai volontari della Lipu (Lega Italiana per la Protezione degli Uccelli) che già dal 1999 gestivano l'oasi Dune di Lesina ed il Parco Nazionale del Gargano. La struttura è stata creata per espletare i servizi di accoglienza, informazione e fruizione turistica del sito, nel pieno rispetto della natura e delle norme a tutela della popolazione faunistica.
Gli operatori del centro visite organizzano pacchetti escursionistici ed attività di educazione ambientale. Sono stati realizzati programmi di escursioni in laguna su catamarani e visite guidate nell'oasi per permettere la fruizione anche a portatori di handicap. Il centro comprende un acquario delle specie ittiche lagunari, il primo i Europa di acqua salmastra, con 14 vasche (21mila litri d'acqua) direttamente collegate con la laguna, un museo naturalistico, un museo etnografico 'la casa del pescatore', il diorama di flora e fauna lagunare, una sala multimediale ed un laboratorio di ricerche gestito in collaborazione con il Cnr-Isec del luogo.
Sul terrazzo del Centro, inoltre, sono stati realizzati due capanni per attività di birdwatching. Info: 0882/992727.